L’any 1986 va ser especialment problemàtic per la Jonquera a conseqüència dels fenòmens climatològics. El 30 de gener d’aquell any el nord de l’Alt Empordà va rebre els efectes d’una intensa nevada. El 19 de juliol del mateix any rnes va patir el gran incendi de l’Albera i, finalment, el 13 d’octubre del mateix es van patir unes inundacions molt greus, afectant especialment la Jonquera i Cantallops.

En el conjunt de l'Alt Empordà els danys ocasionats per les inundacions van pujar a 300 milions de pessetes, dels quals 186 a la Jonquera. El riu Llobregat i els petits torrents afluents que hi van a parar travessant el casc urbà es van desbordar. Béns públics, habitatges i locals comercials van resultar greument afectats i tot i que no hi van haver desgràcies personals s'hi va estar a prop. La carretera N2 i l'Ap7 van quedar tallades entre Capmany i el Portús. L'Ajuntament va demanar declarar el municipi zona catastròfica per l'assetjament de les nevades, l'incendi i l'aiguat.

L'aiguat

La pluja va començar a caure a mig matí de forma suau, començant a intensificar-se a les 2 de la tarda. A les 4 de la tarda arribava al seu punt de màxima intensitat. Es calcula que aquell dia van caure uns 180 litres/m2, segons algunes fonts, però el problema va ser que, a més de ser una quantitat desorbitant, la pluja va caure de forma torrencial sobre una muntanya descoberta de vegetació. Això feia que tal com queia sobre el pendent de la muntanya, també baixava ràpidament pendent avall. Els torrents del costat oriental del riu Llobregat, zona cremada uns mesos abans, no absorvís prou bé la precipitació. Només calia veure com els torrents que baixaven de Sant julià dels Torts, costat occidental del Riu Llobregat, (Querols, còrrec de les Vinyes o torrent del Priorat) anaven plens a vessar però sense fer la destrossa que feien els de Can Conxa, Furquet o Creixolà.
A les 5 de la tarda la pluja va perdre intensitat però el mal ja estava fet. A les 6 de la tarda el panorama resultant era dantesc.

Els punts conflictius

Un dels punts més conflictius va ser còrrec de Can Conxa, que es va desbordar a l’alçada del carrer Pau Casals. La pressió de l’aigua va trencar els murs dels patis posteriors de les cases que alhora servien per canalitzar el torrent en aquest punt, que coincideix en un tram amb desnivell considerable. L’aigua entrava per la part posterior de les vivendes i sortia per la part del davant, al carrer Pau Casals.

Tambè van sortir de mare el torrent d’en Furquet (Prat d’en Malagrava). L’aigua sortia de mare a l’alçada de la font del Gat i continuava a l’ample pel carrer Major, al qual s’hi afegia l’aigua que provenia del carrer Pau Casals, inundant comerços i soterranis de la zona. Part d’aquesta aigua, que arrossegava branques, troncs, sorra i pedres, seguia el seu propi itinerari cap al carrer Mateu Pla o carrer Major avall, fins arribar a la plaça de l'Ajuntament.

Un dels torrents que més mal va fer fou el del Creixolà (avui Can Laporta-Institut IES), ja que aquest va afectar les cases del tram baix del carrer Horta d’en Geli, Major i Bosch de la Trinxeria. I finalment el torrent de Santa Llúcia, que va afectar la zona del Garatge Internacional i Restaurant Vista-Alegre.

La zona esportiva municipal va quedar literalment ensorrada afectant especialment la piscina municipal, pistes de tennis i pista poliesportiva.

Declaració de zona catastròfica desatesa

L’Ajuntament va demanar declarar el municipi zona catastròfica per l’assetjament de les nevades, l’incendi i l’aiguat. Segons les fonts oficials del moment a la Jonquera s’hi van precipitar fins a 100 litres/m2 mentre alguns particulars elevaven la xifra a 180. El pitjor però va ser que aquesta aigua va caure en un parell d’hores.

En el conjunt de l’Alt Empordà els danys ocasionats per les inundacions van pujar a 300 milions de pessetes, dels quals 186 a la Jonquera.  En concret els danys a nivell local es calcula que van ser de 116 milions de pessetes en béns infraestructures públics i de 70 de pèrdues privades.