L'Ajuntament de la Jonquera va reprendre dijous els seus òrgans col·legiats. Tal com han començat a fer diversos ajuntaments catalans, la junta de govern local es va reunir de manera telemàtica, a través d'una videoconferència, per tractar diversos temes municipals. 

La junta de govern local és un ens constituït pels regidors de l'equip de govern que en condicions normals es reuneix setmanalment, cada dijous. Té atribuïdes competències com ara l'atorgament de llicències de tot tipus (ambientals, d'obres, d'obertures...), les contractacions i concessions l'import de les quals no superi el 10% del pressupost, l'adquisició de béns i drets que tampoc costin més del 10% del pressupost, l'aprovació de projectes i serveis que siguin competència d'alcaldia, la resolució d'algunes subvencions, o l'atorgament de beques.

Oficialment continuen suspesos els terminis per a la tramitació dels procediments administratius fins que s'acabi l'estat d'alarma, però sí que s'han establert algunes excepcions que permeten fer algunes gestions específiques. L'activitat a l'Ajuntament no s'ha aturat, sinó que la major part del personal treballa des de casa.