El president de la Federació d’Associacions del Camí de Sant Jaume de Catalunya, José Luís Muñoz, ha explicat, en una entrevista a Signes dels Temps, la reivindicació de la ruta de Santiago que s’inicia a la Jonquera. Segons el president, cal decidir els llocs on transcorre la ruta principal, i la resta de secundàries. Explica que la Generalitat té marcat, com a principal, la ruta Sant Pere de Rodes-Montserrat-Alcarràs, però en realitat la ruta històrica a les comarques gironines s’inicia a la Jonquera, seguint la Via Augusta. El Camí de Sant Jaume, la ruta de pelegrinatge més important de l’Europa medieval, atrau diferents perfils d’usuaris però Muñoz deixa clar que un pelegrí no és en realitat un excursionista o senderista. La Generalitat està promovent un Centre d’Acollida Turística a Vilajuïga, dins el Pla de dinamització Turística Camins Sagrats, però a la pràctica serà difícil que un pelegri rebutgi la ruta històrica. L’Ajuntament de la Jonquera va declarar, el juny de 2007, als mitjans de comunicació que pretenia dissenyar una credencial pròpia per reivindicar l’origen de la ruta de Santiago a la Jonquera i fins i tot va promocionar l’existència del refugi del Carmanxel als pelegrins com una de les aportacions que es feien des del municipi. L’origen i pas de la ruta de Santiago per l’Alt Empordà va derivar finalment en una polèmica política entre Jordi Cabezas (Alcalde de la Jonquera), Alfons Quera (Diputat al Parlament de Catalunya) i el regidor d’ERC a la Jonquera Jaume Domènech.