Va ser el 18 d'abril de 1996. Va ser en aquesta data quan es feia públic que la Generalitat de Catalunya havia declarat, legalment quatre mesos abans i publicat oficialment, que els Estanys de la Jonquera passaven a ser una reserva natural.

Un total de 68,5 hectàrees, dins les quals s'hi incloïen l'Estany Petit, Prat Llong de Baix, Estany Gran, Estany Terra Negra, Prats o estany d'en Figa, Prats de mas Baleta i Estany de Baix, passaven a estar protegides a l'empara d'aquesta figura legal de preservació.

En aquell moment la declaració oficial i feta pública per part del Govern català, en la qual ja s'hi estava treballant des del gener del mateix any, va aixecar les protestes i la reacció contrària per una part dels jonquerencs.

Una de les entitats locals, la societat de caçadors, va ser la que va capitalitzar el moviment en contra. La decisió tampoc va acabar de complaure les autoritats del consistori jonquerenc, que en aquell moment va optar per fer posicionar-se fent costat a la colla de caçadors local.

La declaració comportava la prohibició expressa de la caça d'aus aquàtiques dins el terme municipal de la Jonquera, però per contra no es prohibia el mateix tipus de cacera en els termes municipals de les poblacions veïnes de Capmany i Cantallops. El terme municipal d'aquests dos pobles limita físicament amb els Estanys.

Això va generar força polèmica, ja que es podia donar el cas que, les aus, que no entenen de termes municipals, no poguessin ser objectiu dels caçaires en un dels estanys limítrofs entre la Jonquera i Capmany, però sí que ho fos uns pocs metres més al sud.

Els estanys actualment

Actualment els Estanys de la Jonquera estan catalogats com a zona humida dins el PEIN "Estanys de la Jonquera" i dins l'espai de la Xarxa Natura 2000  ES5120009 "Basses de l'Albera". La totalitat d'aquest espai del PEIN i una zona adjacent de pastures i prats humits foren declarats Reserva natural de fauna salvatge per l'Ordre de 23 de gener de 1996.

L'any 2010 DEPANA instava els governs a donar més protecció als estanys de la Jonquera, a més d'altres zones humides del país.

Els Estanys de la Jonquera són ara com ara un espai molt valorat pels veïns de la Jonquera i poblacions de l'entorn pel seu interès no només faunístic sinó també paisatgístic, especialment a l'hora del capvespre. Hi ha senyalitzat al seu entorn un itinerari anomenat "dels estanys" i megalític", ja que en el seu entorn també s'hi troben tres menhirs i dos dòlmens.

El Centre Excursionista Jonquerenc organitza des de l’any 1983 la Marxa dels Dòlmens, l’itinerari de la qual passa pel costat dels tres estanys.