S'han començat a fer unes primeres estimacions dels danys en natura i fauna del terme municipal de la Jonquera. Així doncs sobre l'afectació de l'incendi, en una valoració provisional i a l'espera de disposar en els propers dies de dades més precises es pot confirmar que el total d'hectàrees cremades ha estat de 2.650 (només T.M. de la Jonquera).

Zona occidental

D'aquestes, a la zona occidental, i prenent com a exix central el Llobregat d'Empordà i les vies de comunicació Ap7, N2 i TGV, hi ha prop de 320 ha. cremades que formen part de l'Espai d'Interès Natural de Les Salines- Alta Garrotxa (que formen part de la Xarxa Natura 2000 com a Lloc d'Interès comunitari.

Zona oriental

A la banda de l'Albera, o zona oriental del terme municipal, s'han cremat 450 ha. del municipi de la Jonquera que formen part del Espai d'Intrès Natural de l'Albera (formant part de la Xarxa natura 2000 com a Lloc d'Interès Comunitari).
Aquest dos sectors, que s'uneixen al nord de La Jonquera formen part del corredor biològic de Les Salines -Albera.

Zona sud

A més, al sud de municipi s'han cremat les 62 Ha. de la Reserva de Fauna Salvatge dels Estanys de la Jonquera (que també formen part de la Xarxa Natura 2000 com a Lloc d'Interès Comunitari). La vegetació més afectada han estat els boscos de suredes de la muntanya de Sant Julià que no havien cremat mai. Els alzinars muntanyencs, també en part han quedat afectats. Roures i algunes comunitats de boscos de ribera han petit menys els efectes.
Per altra banda, la fauna també ha quedat molt afectada. Les darreres pollades d'algunes espècies d'ocells que encara eren al niu, tot tipus de rèptils i amfibis i els mamífers mustèlids (gorja blanc, geneta, teixò), guilles, senglars, cabirols i muflons sens molts exemplars hauran mort per les flames.
En les properes setmanes s'haurà de fer una valoració precisa dels efectes sobre la fauna i preveure algunes mesures de recuperació.